Xã Nhã Nam nằm trong khu vực đồng bằng sông Hồng, thuộc vùng phát triển kinh tế năng động của tỉnh Bắc Ninh và khu vực phụ cận Thủ đô Hà Nội.
Địa hình chủ yếu là đồng bằng xen lẫn một số khu vực bán sơn địa, tương đối bằng phẳng, thuận lợi cho phát triển nông nghiệp, xây dựng kết cấu hạ tầng và mở rộng các khu dân cư.
Khí hậu mang đặc trưng của vùng Bắc Bộ, với bốn mùa rõ rệt, nguồn nước dồi dào từ hệ thống sông, kênh mương nội đồng, đáp ứng tốt nhu cầu sản xuất nông nghiệp và sinh hoạt của người dân. Điều kiện tự nhiên là nền tảng quan trọng để Nhã Nam phát triển kinh tế nông nghiệp, dịch vụ và tiểu thủ công nghiệp theo hướng bền vững.